(가) 기본공제대상자(나이 및 소득금액의 제한을 받지 아니함)를 위하여 당해 근로자가 직접 부담하는 비용으로서 의료기관에 지급하는 건강진단비용은 의료비공제를 받을 수 있습니다. 소득세법 시행령에서 질병예방을 위하여 『의료법』 제3조에 따른 의료기관에 지급한 비용도 공제대상 의료비 범위에 포함시키고 있기 때문입니다.

(나) 만일 회사가 부담한 근로자 본인에 대한 건강진단비용이 있으면 이는 과세대상 근로소득입니다. 소득세법상 비과세 근로소득은 법에서 열거한 항목에 한하기 때문입니다. 따라서 이 경우에는 회사가 부담한 건강진단비용을 근로소득으로 계상하고 동 건강진단비용에 대하여는 의료비 세액공제를 적용하면 됩니다.

☞ 관련근거 : 소득세법 시행령 118조의5 ① 1호