(가) 세액공제대상에 해당하지 않습니다. 근로자가 사내근로복지기금법에 의한 사내근로복지기금으로부터 지급받은 의료비는 공제대상 의료비에 포함되지 아니하는 것으로, 근로소득이 있는 거주자가 당해연도에 발생한 의료비로 사내근로복지기금으로부터 지급받은 의료비 지원금은 당해연도 공제대상 의료비에서 차감하는 것입니다.

(나) 이미 근로소득 연말정산시 해당 의료비에 대하여 의료비 공제를 받은 경우에는 의료비 공제를 부인하여 연말정산을 재 정산하여야 하며, 재정산의 경우는 원천징수의무자가 하거나, 근로자가 개별적으로 종합소득세 수정신고를 통하여 할 수 있습니다.

☞ 관련근거 : 서이46013-10442 (2002.3.11.)