(가) 근로자는 의료비 세액공제금액에 관계없이 의료비지급명세서를 원천징수의무자에게 제출하며, 원천징수의무자는 근로소득세액 연말정산을 할 때 특별세액공제 대상이 되는 의료비가 있는 근로자에 대해서는 근로소득지급명세서를 제출할 때에 해당 근로자의 의료비지급명세서가 전산처리된 테이프 또는 디스켓을 관할 세무서장에게 제출하여야 합니다.

작성자	작성 요건	제출처
근로자	의료비 지출총액이 총급여액의 3%를 초과하여 의료비 세액공제를 받고자 하는 경우	원천징수의무자
원천징수의무자	의료비 세액공제액이 있는 근로자	원천징수 관할 세무서장

(나) 근로자는 의료비지급명세서의 “⑥ 본인 등 해당여부란”의 기재 내역에 따라 의료비지출금액을 소득·세액공제신고서의 각종소득·세액공제항목(의료비)란 및 특별세액공제(의료비)란에 해당 금액을 구분하여 기재합니다.

○ 본인 ㆍ65세 이상자 ㆍ장애인인 경우 : ○

○ 그 밖의 기본공제 대상자인 경우 : X

(다) 다음에 해당하는 의료증빙코드 중 해당하는 코드를 ⑨의료증빙코드에 기재합니다.

※ 2008년부터 의료비수납자료 집중기관이 국세청으로 변경됨에 따라 국민건강보험공단에서는 의료비부담명세서를 발급하지 않고 있음

의료증빙코드	내용
1	간소화서비스에서 출력된 의료비 자료
2	국민건강보험공단의 의료비부담명세서
3	진료비계산서ㆍ약제비계산서
4	장기요양급여비용명세서(급여 본인부담금 ①란의 금액 기재)
5	기타 의료비 영수증

(라) 원천징수의무자의 의료비지급명세서 제출방법
근로소득지급명세서를 제출하는 때에 홈택스(과세자료제출)를 통해 제출하거나 전산매체
(전산처리된 테이프나 디스켓)로 관할세무서장에게 제출하여야 합니다.

※ 전산매체 수록요령 : 국세청 홈페이지 → 국세정보 → 국세청프로그램에서 조회 활용

☞ 관련근거 : 소득세법 시행령 118조의5