(가) 의료기관 등이 국세청에 자료를 제출하지 않았거나 본인이 법에 따라 자료가 국세청에 제출되는 것을 거부하는 경우 등의 사유로 국세청연말정산간소화 서비스에서 발급한 근로자 소득·세액공제증빙서류와 실제 지출한 의료비금액에 차이가 있을 수 있습니다.

(나) 이와 같이, 연말정산간소화 홈페이지에 있는 의료비 금액이 부족하거나 누락된 경우에는 해당 병의원 또는 약국 등에서 정확한 영수증을 발급받아 소득·세액공제신고서의「기타」란에 기재하여 이를 소속 회사에 제출하면 의료비 세액공제를 받을 수 있습니다.

○ 의료비 제출증명서류는 다음과 같습니다.

의료비 지출항목	증명서류	비고
의료기관 및 약국에 지급한 의료비	의료기관 및 약국이 발행한 국민건강보험요양급여의 기준에 관한 규칙 제7조에 따른 계산서ㆍ영수증 또는 진료비(약제비)납입확인서	연말정산간소화 (www.yesone.go.kr) 에서도 제공
노인장기요양보험법에 따라 실제 지출한 본인 부담금	ㆍ장기요양급여비용 명세서 (노인장기요양보험법 시행규칙 별지 제24호 서식) ㆍ장기요양급여비 납부확인서 (노인장기요양보험법 시행규칙 별지 제25호 서식)
안경 또는 콘택트 렌즈 구입비용	사용자의 성명 및 시력교정용임을 안경사가 확인한 영수증
보청기 또는 장애 보장구 구입비용	사용자의 성명을 판매자가 확인한 영수증
의료기기 구입 및 임차비용	의사ㆍ치과의사ㆍ한의사의 처방전과 판매자 또는 임대인이 발행한 의료기기명이 기재된 의료비 영수증

(다) 연말정산간소화서비스에서 제공되는 소득공제 증명서류의 의료비중 본인부담이 아닌 금액, 입사 전 지출금액 등 세액공제대상이 되지 않는 지출액이 포함된 경우에는 그 금액을 차감하고 세액공제를 신청하여야 합니다.

☞ 관련근거 : 소득세법 59조의4 ②, 소득세법 시행령 118조의5, 소득세법 시행규칙 58조